1500年，大将军托马斯（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）奉皇后伊莎贝拉（蕾切尔·薇兹 Rachel Weisz 饰）之命前往新大陆寻找创传说中的“生命之树”。只要饮下一滴树的汁液，便会获得永生。一路历尽千辛万苦，终于到达了一座辉煌的隐蔽之地，看到了永生难忘的奇异景象。
2000年，脑癌专家汤米（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）急切为患脑癌的妻子丽兹（蕾切尔·薇兹 Rachel Weisz 饰）寻找良药。研究小组从南美洲丛林里带回了一株奇异的树种标本，在提炼药物用于黑猩猩实验时奇迹般地产生了效果。
2500年汤姆•乘坐着用思想控制的透明圆球飞船中，穿梭于太空宇宙。辽阔的星际间，身边却只有那棵已快死亡的古树，他无时无刻不回想着关于丽兹的记忆。
千年的奔涌时空里，苦苦寻觅的一直是生命的真谛……